Il paese si affaccia sul Mar dei Caraibi per un tratto di 644 chilometri e nell' Oceano Pacifico con un un tratto di costa nel Golfo di Fonseca di 153 chilometri.
Le Islas de la Bahía (Isole della Baia) e, più a Nord, le lontane Swan Islands appartengono tutte all'Honduras.
Il territorio dell'Honduras è formato principalmente da montagne (80%), ma ci sono pianure strette lungo i litorali e una grande regione pianeggiante, la Mosquitia, nel nordest densamente popolata.
I rilievi montuosi sono disposti in catene parallele con direzione Ovest-Est.
La laguna Yojoa costituisce la principale fonte di acqua dolce del paese.
Dal punto di vista climatico l'Honduras può essere suddiviso nella fascia interna delle montagne e in quella delle pianure costiere, che a sua volta può essere distinta in una zona costiera pacifica e in una caraibica.
Grazie al suo clima, alle sue bellezze naturali e alla presenza di alcuni importanti siti Maya, soprattutto negli ultimi anni il turismo è divenuto una delle maggiori ricchezze per il paese.
In prossimità del fiume Motagua, si trova Copan, uno dei siti archeologici meglio conservati di tutto il mondo Maya.
Il periodo migliore dell’anno per visitare il paese è quello che va da maggio a giugno.